随着牛群和大豆种植面积的扩大，亚马逊流域的森林砍伐还在继续。当地的主要森林保护政策涉及到“保护区”，即国家政府指定的、不许人类扰动、让自然植被发展的区域。但仅有这一政策，也许不能保护当地的热带雨林被彻底破坏。利用SimAmazionia 1计算机模型对森林面积减少所做的新的估计显示，到2050年，农业发展将使5大流域和10大生态区的森林覆盖面积减少2/3。所研究的4个哺乳动物物种中其中1个将失去其森林生境的40%。虽然改善的保护区网络将使预计要丢失的森林中近1/3避免丢失，但要保持亚马逊地区的景观和水域，私人土地上的森林保护将是非常重要的。
