数量越来越多的细胞内病原体和内生危险信号正在陆续被发现。先天免疫系统的这些构成部分识别入侵的微生物的核酸、蛋白或细胞器中的分子模式，这些模式与寄主体内所看到的模式是不同的。Meylan等人的一篇综述文章对关于这些受体功能的最近的研究工作进行了分析，主要涉及的是Toll类受体和Nod类受体以及抗病毒蛋白RIG-I 和Mda5。“坏的”模式与“好的”模式区分的方式仍然有待确定。但它是一个重要的研究领域，因为先天免疫系统作为药物目标的价值，已经由白介素-1受体拮抗剂（IL-1ra）在治疗风湿性关节炎和其他炎症中的功效体现了出来。
