来自脊椎动物基因组序列的证据表明，在演化上保留下来的非编码区域明显超过编码区域，这些基因多数涉及基因调控。这些基因的起源我们基本上不知道，但印度腔棘鱼“活化石”鱼的基因组中部分序列的测序成功，可帮助追寻它们的演化历史。现在，这些保留下来的基因组元素中的一组被发现起源于一个由反转录子组成的新的、“短分散元素”（SINE）家族，这个家族4.1亿年前活跃于肉鳍鱼中，今天仍活跃于腔棘鱼中。它们有些在哺乳动物中已经获得了功能，其中的一种是能够增强一个名为ISL1的神经发育基因的表达的增强子，另一种在mRNA处理基因PCBP2中是一个外显子。
