埋藏在X染色体上的遗传“化石”
人类性染色体进化的历史可能在时间上冻结在X染色体上不同的层面(strata)上。这些层面的排列表明，性染色体的进化过程有4次明显的事件。层面形成的年代和哺乳动物与人类进化历史的关键阶段相联系。这些阶段包括哺乳动物的起源(第一层面)以及灵长目动物两个主要类群的分离(第四层面)。X染色体和Y染色体不能重组，因此它们的差异能独立地积累在各自的遗传序列上。保存在X和Y染色体上类似的基因对也就被看成是“化石”，因为它们表现了两条性染色体的共同的进化历史。Lahn和Page研究了人类X和Y染色体上19对这样的化石基因。他们计算了X和Y染色体上这些基因对序列的差别，并以此推算自从X和Y分离出来以后，经过了多少时间。有意思的是，这19对可以被分在4个独立的时间段，它们也形成按时间排序的X染色体上的不同层面。说明X和Y染色体的差异是一段一段地形成的，可能是由于Y染色体上的倒位引起。倒位就是指染色体上的基因片段由原始位置旋转180度。这种倒置常抑制基因的重组，这就使得X和Y染色体能沿着各自独立的途径进化。
